Taustayhteisöt
Naantalin Sinisten taustalla toimii kaksi tärkeää toiminnan tukijaa ja mahdollistajaa. Nämä ovat Naantalin kaupunki ja Naantalin seurakunta.
Naantalin kaupunki
Naantalin kaupunki tukee Naantalin Sinisten toimintaa perusavustuksen ja ohjaajapalkkioiden muodossa. Lippukunnan kokoontumistila Taimon uimarannalla on kaupungin omistama ja lippukunta on saanut sen käyttöönsä vuokraa vastaan. Muita kaupungin tarjoamia vuokrattavia tiloja lippukunta saa käyttöönsä ilmaiseksi, kuten muutkin nuorisotoimintaa harjoittavat naantalilaiset yhdistykset.
Naantalin seurakunta
Naantalin seurakunta tukee Naantalin Sinisiä säännöllisellä toiminta-avustuksella. Lisäksi seurakunta antaa NaSin käyttää tilojaan (Soiniemen leirikeskus ja kirkko) maksutta. Yhteistyötä tehdään seurakunnan kanssa muutenkin, esim. partiolaisia saattaa nähdä keräämässä kolehtia Naantalin kirkossa.